Le origini della parrocchia risalgono al 1829. Difatti in quell’anno, nel quartiere Oncino, frazione del comune di Boscotrecase, nel territorio della Parrocchia di Santa Maria delle Grazie, fu fatta costruire una Cappella dedicata alla Santissima Trinità. Nel dicembre dello stesso anno fu benedetta e aperta al culto. La piccola Chiesetta misurava m.9,52 di lunghezza e m. 4,76 di larghezza.
Fin dalla istituzione della Cappella si celebrava la Santa Messa solo nei giorni festivi e un triduo in occasione della festa in onore della Santissima Trinità.
Il fondatore la dotò, infine, di una rendita di 20 ducati per le spese di ordinaria amministrazione.
Il 27 febbraio 1877 il rione Oncino fu accorpato al Comune di Torre Annunziata: gli abitanti si trovarono, così, nella situazione di dipendere dal civile dal nuovo Comune e dallo spirituale dalla Parrocchia di Santa Maria delle Grazie in Trecase.
Per venire incontro alle esigenze dei fedeli, lontani dalla sede della loro Parrocchia, si stabilì che la Cappella della Santissima Trinità fosse considerata succursale della Parrocchia di Trecase.
Non completamente soddisfatto dei benefici ottenuti, nella riunione del Consiglio Comunale del 28 ottobre 1881, il Sindaco chiese all’Arcivescovo di Napoli di istituire una nuova Parrocchia avente sede nella Cappella della Santissima Trinità, oppure di aggregare il territorio alla Parrocchia dello Spirito Santo.
La richiesta, fatta alla Curia napoletana, non ebbe alcun seguito.
L’esigenza di una nuova Parrocchia non venne mai meno negli abitanti del rione: dopo poco più di quarant’anni il Consiglio Comunale, nella riunione del 30 ottobre 1924, ripropose a Sua Em.za il Cardinale Alessio Ascalesi la richiesta che, nell’interesse degli abitanti della parte occidentale di questa città, la Rettoria della Santissima Trinità venisse eretta in Parrocchia autonoma.
La richiesta del Consiglio Comunale e di tutti gli abitanti del rione, finalmente, fu accolta.
Sua Em.za il Cardinale Alessio Ascalesi il 22 marzo 1926 emise la Bolla di istituzione della nuova Parrocchia sotto il titolo di “Sant’Alfonso nella Cappella della Santissima Trinità”.
Si dovette, però, attendere il Regio Assenso perché la nuova Parrocchia potesse funzionare. Il Decreto Reale fu emanato solo il 2 febbraio 1928 e il Rev. Prof. Don Salvatore Farro, nominato economo curato, iniziò l’attività pastorale.
Il Commissario prefettizio Vincenzo Perazzi che reggeva il Comune di Torre Annunziata, in data 17 febbraio 1928, ringraziava Sua Em.za Rev.ma il Cardinale Alessio Ascalesi, Arcivescovo di Napoli, per l’erezione a parrocchia della Chiesa della Santissima Trinità e nel contempo, sicuro interprete dei sentimenti della cittadinanza, chiedeva che come parroco fosse nominato il Rev.do prof. Salvatore Farro che già aveva retto la predetta Chiesa in modo lodevole prima come rettore e poi come economo curato. Il 28
febbraio dello stesso anno la sua richiesta fu accolta: Mons. Farro fu parroco fino al 3 luglio 1968, giorno della sua morte.
Nel 1940 l’amministrazione municipale decise la costruzione di una nuova strada che unisse il corso Umberto I con la discesa Rampa Nunziante. Per realizzare questo progetto fu necessario abbattere la Chiesa parrocchiale al fianco del vicoletto Trinità. Alla nuova strada fu data la denominazione di via Italo Balbo, oggi via Gino Alfani. Così, dopo la demolizione della Chiesetta, la parrocchia ebbe sede provvisoria in un terraneo del fabbricato di proprietà Save al corso Umberto I (l’attuale edificio ove ha sede la Banca CREDEM) che crollò durante l’incursione aerea del 14 settembre 1943. Mons. Farro si adoperò affinché la Chiesa venisse ricostruita, col consenso del Cardinale Alfonso Castaldo, sul panoramico posto ove sorge attualmente, ma a causa degli eventi bellici i lavori per la ricostruzione furono sospesi e ripresi soltanto nel dopoguerra. Nel 1951 la nuova Chiesa, seppur non ancora completata, fu benedetta e aperta al culto. Il 2 ottobre 1955, durante la visita alla Parrocchia di Sua Em.za il Cardinale Marcello Mimmi, Arcivescovo di Napoli, si decise che essa dovesse essere intitolata solo alla Santissima Trinità, esistendo già a Torre Annunziata un’altra parrocchia dedicata a S. Alfonso.
Il 22 ottobre 1970 il Presidente della Repubblica emise il decreto: “…è riconosciuta la personalità giuridica della Chiesa parrocchiale della Santissima Trinità in Torre Annunziata.” A Monsignor Farro gli successe il Rev. Don Pasquale Pagano il quale ha retto la parrocchia in modo encomiabile. A Don Pasquale Pagano è succeduto Don Antonio Ascione. Dal 2011 e fino al 13 ottobre 2023 il parroco è stato Don Ciro Cozzolino. Dal 14 ottobre 2023 è succeduto ad esso Don Ciro Sorrentino.